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一众君臣听到这里也很是赞同，何腾蛟的建议看起来动作很大，其实都没有直接对现有军队编制动刀子，而是先把募兵权收回兵部，再将现有军队混乱的统辖体系规范而已。
一方面可以加强朝廷对各军统辖力度，另一方面通过中央统一募兵限制了各军的独立性。
“其三，可以由朝廷向各军派驻文臣，以作监军！”
听到这第三条建议，旁边一直沉默，但却分管军务，在这次会议中举足轻重的内阁辅臣吕大器表示了反对
“老臣以为，此议不妥，所谓大军作战，军令第一，我朝以文制武是常例，若向军中派驻监军，临机决断之时难免冲突。”
这话说的委婉，其实就是怕外行指挥内行而已。
因为即使明朝文人统兵是常事，但那是以文官作为统帅，而武将执行。
现在直接向各军派驻监军，却是让文官直接干预具体战术指挥，那就是另一回事了。
但朱由榔此时有着更多思考，他想到了后世军队中的政治委员，此时大明朝的军队是完全由一帮“军阀兵头”
辖制的，如果能够在不干涉军队指挥的前提下建立一个监督体系倒也并非坏事。
他想了想开口道
“朕以为，若不是派遣监军，而是向各军增设一主簿、参军，以作记录军功之用，位在主将之下，为属官，如何？”
吕大器思索一二，拱手称赞道
“皇上圣明！”
武器问题
朱由榔的想法也并不复杂，一方面通过向军中派驻文官统计军功，既能一定程度上限制虚报军功等不良现象，另一方面也能起到部分监视作用。
而更重要的是，这些参军、主簿是军中主将的属下，但又不能由主将任免，既不可能干涉的到主将决策，又能让主将有所忌惮。
接着，一众君臣又讨论了一个多时辰，从粮饷问题到募兵工作，从辖制问题到文武分野，叽叽喳喳闹了半天，总算定下了一个基本方案。
首先，撤销现有的卫所、募兵编制，重新设立都督府统一管辖。
在这一点上，瞿式耜、何腾蛟是主张直接使用过去的五军都督府编制，但朱由榔却是赞同了吕大器的观点。
即现在局势已经不需要过去那种五军分立的分权思想了，当务之急，不如直接学习太祖皇帝打天下时建立的大都督府，由天子亲任天下兵马大都督。
不过朱由榔取“驱除鞑虏、光复中华、重昭社稷、救济斯民”
北伐口号中的“光复”
二字，给这个大都督府重新定名为光复军大都督府，新编军队也以此得名为“光复军”
。
大都督府设立大都督同知一人，大都督签事一人，大都督长史一人（均为正一品）。
大都督之下才分辖前后左右中海六军都督（从一品），同样设有同知、佥事、长史（正二品）。
其中海军都督府是朱由榔所提议设立的，这是他打算留给郑成功的位置，毕竟之前他已经封郑成功为左都督，现在降人家官肯定不合适，干脆给郑成功专门设立一个官职衙门。
而且在朱由榔的初步设想中，北伐满清，郑成功的水师将会有极大作用，独设一军也是早晚的事。
而其中的长史一职便是朱由榔所提出的驻军文官，他还指定首辅瞿式耜为首任大都督府长史，并且以此为成例，日后大都督府长史均由内阁首辅兼任。
到这里，这个光复军的编制与之前明廷军制差距还不大，关键在于五个都督府之下。
由于废除卫所，每个都督所辖部队便不再以卫所区分，而是直接以一个新单位“师”
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